聚合氯化铝虽然是一种常用且有效的水处理药剂，但也存在一些缺点，大多数表现在以下几个方面：

  受水质影响大pH 值：聚合氯化铝在不同 pH 值的水质中表现出的处理效果差异较大。在 pH 值为 6.5-7.5 的范围内效果较好，当水质的 pH 值超出这个范围时，比如在酸性较强或碱性较强的水中，其水解反应会受到抑制，导致形成的絮凝体结构和性能发生明显的变化，絮凝效果变差，进而影响对污染物的去除效率。

  水温：水温对聚合氯化铝的水解速度和絮凝效果有显著影响。在低温条件下，水的粘度增大，分子运动速度减慢，聚合氯化铝的水解反应速度也随之降低，生成的絮凝体细小、松散，沉淀性能不佳，使得处理效果下降。

  存在铝残留问题潜在健康风险：在水处理过程中，聚合氯化铝投加量过多或反应不完全时，会导致水中残留一定量的铝离子。长时间喝含有较高铝含量的水，会对人体健康造成潜在危害，如在人体内蓄积会对神经系统、骨骼等产生不良影响。

  影响水质口感：铝残留会使水产生异味或改变水的口感，降低水的感官品质，影响用户对水的接受度。

  药剂稳定性有限储存条件要求高：聚合氯化铝的固体产品吸湿性较强，容易吸收空气中的水分而潮解，进而影响其有效成分含量和使用效果。液体产品则存在保质期相对较短的问题，在储存过程中会发生水解、聚合等反应，导致产品性能下降。

  配制成溶液后时效性短：将聚合氯化铝配制成水溶液后，其有效成分会跟着时间逐渐发生明显的变化，通常要在较短时间内使用完毕，否则会影响处理效果，这就要求在使用的过程中要现配现用，增加了操作的复杂性和管理成本。

  对某些污染物处理效果不佳溶解性有机物：对于一些溶解性较强的有机物，聚合氯化铝的絮凝沉淀作用往往难以将其有效去除。这些有机物与聚合氯化铝水解产生的絮凝体结合不紧密，或者其分子结构和性质使得它们不易被吸附和沉淀，需要结合其他处理方法如活性炭吸附、氧化等才可以做到较好的去除效果。

  特定重金属离子形态：对某些以特定形态存在的重金属离子，如与有机物形成稳定络合物的重金属离子，聚合氯化铝无法将其有效去除。因为这些络合态的重金属离子不易与聚合氯化铝水解产物发生反应，或者形成的沉淀不稳定，容易重新溶解在水中。

  产生污泥量大后续处理成本高：聚合氯化铝在水处理过程中会产生大量的污泥。这些污泥的体积较大，含水量高，处理和处置难度较大，需要耗费大量的人力、物力和财力进行污泥的脱水、浓缩、填埋或焚烧等处理，增加了整个水处理系统的运行成本和管理难度。

  污泥处置环境压力：如果污泥处置不当，其中含有的重金属等有害于人体健康的物质会对土壤、水体等环境能够造成二次污染，给环境保护带来压力。